Thời trẻ, sáng tổ lưu phái Shotokan Gichin Funakoshi đã từng luyện tập 2 phái võ karate nổi tiếng nhất vùng Okinawa thời đó là Shōrei-ryū và Shōrin-ryū. Sau nhiều năm tập luyện, Funakoshi đã tạo ra một phong cách riêng là sự kết hợp của cả hay phái ông từng tập.[1] Ông chưa bao giờ đặt tên cho lối đánh của mình và chỉ gọi nó là "karate". Karate của Funakoshi phản ánh sự thay đổi trong nghệ thuật của Ankō Itosu, trong đó phải kể tới Heian/Pinan kata. Funakoshi đã đổi tên một số bài kata trong ngôn ngữ địa phương vùng Okinawa để người Nhật Bản có thể dễ phát âm nó hơn.

Lịch sử Karate hiện đại ghi nhận những nỗ lực của Gichin Funakoshi, cùng với sự trợ giúp của con trai ông là Gigo (Yoshitaka) Funakoshi, thông qua các buổi biểu diễn trước công chúng và thúc đẩy phát triển các câu lạc bộ karate ở các trường đại học, trong đó có Keio, Đại học Waseda, Đại học Hitotsubashi (Shodai), Đại học Takushoku, Đại học Chuo, Đại học Gakushuin và Đại học Hosei, nhằm phổ biến rộng rãi bộ môn Karate đến công chúng. Qua những lần biểu diễn này, Funakoshi đã thu nạp được nhiều môn sinh là sinh viên các trường đại học.

Năm 1936, Gichin Funakoshi lập ra võ đường đầu tiên của mình lấy tên là Shotokan (Tùng đào quán)[2] tại Mejiro, Toshima, Tokyo. Shoto (松濤, Shōtō?), trong tiếng Nhật có nghĩa là "cây tùng và ngọn sóng lớn" (sự rung động của lá thông khi sóng gió thổi qua), và cũng là bút danh của Funakoshi[1] mà ông sử dụng trong các tác phẩm thi ca và triết học của ông cùng với thư cho các học sinh của mình. Chữ kan (館, kan?) nghĩa là "quán".

Sau này, mặc dù võ đường đã bị phá hủy vào năm 1945 trong một cuộc không kích của Đồng minh trong Thế chiến thứ hai.[3], Funakoshi vẫn tiếp tục truyền bá và giảng dạy Karate cho đến khi qua đời năm 1957. Để vinh danh người thầy của mình, các môn sinh của Funakoshi đã tạo ra tên gọi shōtō-kan, đặt làm bảng hiệu trên lối vào của hội trường, nơi Funakoshi giảng dạy.[1] Gichin Funakoshi thực chất chưa bao giờ đặt tên cho trường phái của mình, ông vẫn chỉ gọi nó là karate.

Tuy nhiên, về sau do nội bộ bất đồng (do quan niệm rằng sự cạnh tranh là đi ngược lại bản chất của karate) dẫn tới sự tách riêng và thành lập của hai tổ chức khác. Hai tổ chức này được gọi là Hiệp hội Karate Nhật Bản (do Masatoshi Nakayama thành lập) và Shotokai (do Motonobu Hironishi và Shigeru Egami thành lập). Sau đó đã dẫn tới sự hình thành của nhiều tổ chức, hiệp hội khác nên không chỉ tồn tại một "trường Shotokan" đơn lẻ, mặc dù tất cả đều chịu ảnh hưởng từ phong cách của Funakoshi. Là trường lớn nhất, Shotokan được coi là trường mang nhiều ảnh hưởng và phong cách truyền thống nhất giới karate-do